S'il y a plusieurs insertions et suppressions dans les index d'une table, les index peuvent devenir fragmentés. Par fragmentation, nous voulons dire que l'ordre physique de la page d'index n'est pas proche de l'ordre alphabétique des enregistrements dans les pages, ou qu'il y a plusieurs pages non-utilisées dans le bloc de 64 pages qui ont été allouées à l'index.

Une manière d'accélérer les index est d'extraire périodiquement les données de la table dans un fichier avec mysqldump, d'effacer la table puis de la recréer.

Une autre manière de défragmenter consiste à exécuter un ALTER sur le type de la table pour le changer en MyISAM puis de le repasser en InnoDB.

ALTER TABLE tbl_name TYPE=InnoDB

Cela fait que MySQL va reconstruire la table. Un autre moyen de réaliser la défragmentation est d'utiliser l'utilitaire mysqldump pour exporter la table vers un fichier texte, effacer la table, la recréer et importer le fichier de données.

Si les insertions dans un index sont toujours ascendantes et que les lignes supprimées le sont à la fin du fichier, alors l'algorithme de gestion de l'espace fichiers de InnoDB garantit qu'aucune fragmentation n'aura lieu dans l'index.