Questa sezione vi permette di avviare e fermare il server MySQL al quale vi siete connessi. Per il momento, questo è possibile solo se il server è in esecuzione sulla stessa macchina di MySQL Administrator. Nei rilasci futuri, i server MySQL avranno un Instance Manager che vi permetterà anche di avviare e fermare server MySQL su macchine remote. Inoltre potete avviare e fermare il server solo se è stato configurato come un servizio. Se il server è in esecuzione come applicazione stand-alone, la sezione Service Control non è disponibile.

La scheda Configure Service è disponibile solo per server MySQL in esecuzione sotto Windows.