ストレージエンジンをアンプラグするには、UNINSTALL PLUGIN ステートメントを利用します。

UNINSTALL PLUGIN ha_example;

もし、テーブルに必要なストレージエンジンをアンプラグすると、それらのテーブルはアクセス不可になりますが、ディスク上には存在し続けます。 (アクセス可能な場所)ストレージエンジンをアンプラグする前に、それらを利用しているテーブルが無い事を確認してください。