MySQL 5.1 に実装したバイナリ ログ形式は、以前のバージョンで使用していたものとは大きく異なり、キャラクタ セットの処理、LOAD DATA INFILE、タイム ゾーンに関しては特に異なります。

一般的なルールとしては、マスタとスレーブを同じバージョンで実行しているときにレプリケーションを設定してください。(MySQL 5.1, 5.0 または 4.1 など)異なるバージョン間でレプリケーションを実行する必要がある場合は、クライアントにマスタと同等またはそれ以上のバージョンを使用していることを確認してください。(例: マスタで 4.1.23、スレーブで 5.0.24)

レプリケーションはMySQL 5.0 および 5.1 のマスタとサーバであれば、コンビネーションに関係なく、正確にできます。マスタとスレーブで異なるグローバル キャラクタ セットの変数を使用している場合や、マスタとスレーブで異なるグローバル タイム ゾーンの変数を使用している場合でも同様です。これはマスタとスレーブのどちらか、もしくはその両方がMySQL 4.1 以前を使用している場合には該当しません。

レプリケーションの互換性は継続的に向上するため、最新の MySQL バージョンを使用することをお勧めします。マスタとスレーブで同一のバージョンを使用することも効果的です。アルファまたはベータ バージョンをマスタとスレーブで使用している場合には、プロダクション バージョンにアップグレードすることをお勧めします。マスタで使用中のものが新しく、スレーブで使用中のものが古い場合にレプリケーションを行うと失敗するケースが多分にあります。一般的には、MySQL 5.1.x を実行しているスレーブは、マスタで使用しているバージョンが古い (MySQL 3.23、4.0 または 4.1) でも使用できますが、その逆の場合はできません。

前項の情報はプロトコル レベルでのレプリケーション互換に関連します。しかし、SQL レベルでの互換性問題など、他にも制限があります。たとえば、複製したステートメントが5.0ではなく 5.1 で利用可能なSQLの機能を使用している場合は、5.1 のマスタは、5.0 のスレーブに複製できません。その問題に関しては、項5.4.1. 「レプリケーション機能と既知問題」を参照してください。