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実装の際に、readdir_r() が破損する場合があります。その兆候としては SHOW DATABASES ステートメントが常に空のセットを返します。これは設定後のコンパイルする前に HAVE_READDIR_R を config.h から削除することで修正できます。
readdir_r()
SHOW DATABASES
HAVE_READDIR_R
config.h